謝っている訳ではなさそうです。
「御麺屋」
言葉遊びか駄洒落か、かなり微妙な所に位置するようです。
「ごめんや」と読ませるようですのが、元の文字を使った「御免」は幕府の免許・許可を得た意味でした。さらに、職を免れる意味で使う場合（お役御免）、謝る場合（ごめんなさい）、立ち入る際の挨拶（ごめんください）、拒絶・拒否の場合（もう「ごめん」だ）などの意味としても使われます。
しかしながら、尊敬語・丁寧語として「御」をつけることもあり、麺屋を丁寧にした意味ともとれます。
この場合大阪人は「御（ご）」ではなく、「お」をつけるのですが、現在ではほとんど愛称として呼ぶ場合に使われています。
曰く、「おあげさん（薄揚）」、「おいなりさん（稲荷明神）」「お豆さん（豆）」「おかいさん（粥）」などなど、「お～さん」という呼びまわしが多く使われ、なにやら親しみのある名前に変わってしまいます。